京东联想有两个自营店的原因是因为 京东官方自营和厂家官方自营。具体来说，这两家店分别是：
联想京东自营官方旗舰店：
这是联想在京东开设的官方旗舰店，类似于天猫店铺的形式，但仍然使用的是京东的服务，享受京东售后，7天无理由、物流等。
联想京东自营旗舰店：
可以认为京东在自己的旗下，开了一家卖联想电脑的店，类似于代理商或者承包商的性质，依然使用的是自己家的物流，享受自己家的服务。
此外，还有一种解释是京东有两个自营旗舰店是因为其产品侧重点不同而开设的，旨在提供更精确的服务给用户。
总结来说，京东联想有两个自营店是因为京东官方自营和厂家官方自营，这两家店虽然都是自营，但经营主体和运营模式有所不同。建议消费者在购买时可以仔细查看店铺信息，选择最适合自己的店铺进行购买。