日皇杯冠军有以下几项重要用途：

直通亚冠资格：

日皇杯冠军有资格直接参加亚洲冠军联赛（亚冠）的比赛。这是日皇杯冠军的重要福利之一，也是许多球队重视日皇杯的一个重要原因。

奖金：

日皇杯冠军通常可以获得较高的奖金，虽然具体金额可能有所变动，但据报道，冠军奖金约为1000万元人民币。

提升球队士气和荣誉：

作为日本国内最高水平的足球赛事之一，日皇杯冠军的荣誉对于球队和球迷来说具有极高的价值，能够显著提升球队的士气和荣誉感。

联赛排名：

在天皇杯和联赛的排名中，日皇杯冠军通常会获得较高的顺位，这有助于在联赛中取得更好的成绩。

综上所述，日皇杯冠军不仅能够获得直通亚冠的宝贵资格，还能带来丰厚的奖金和荣誉，对于球队和球迷来说都具有极高的意义。