在足协杯比赛中，如果常规时间结束后两队比分相同，将会进行加时赛和点球大战来决定胜负。具体流程如下：

加时赛

加时赛分为两个15分钟的半场。

如果加时赛结束后比分仍然相同，则进入点球大战。

点球大战

点球大战中，两队将进行一系列的罚点球。

先进球多的一方将获胜。

在点球大战中，如果双方第一轮罚球比分一致，将进入第二轮，采用立即死亡模式，即每队派出一名球员依次射点球，直到分出胜负。

因此，如果足协杯比赛中常规时间结束后比分相同，将通过加时赛和点球大战来决定最终的胜者。