周琦在CBA联赛中虽然为新疆队效力，但在全运会篮球体系中，他代表的是辽宁队。这是由全运会篮球比赛的竞赛规则所决定的，即球员的参赛资格与所在CBA球队并无直接关联，而是视球员的全运会注册单位所决定。周琦是由辽宁体育局下属的阜新篮球学校培养成才的，因此他最终在辽宁体育局注册参赛资格，将代表辽宁队出战全运会。
此外，周琦的篮球生涯与辽宁有着深厚的渊源。他出生在河南，但由于河南缺少系统正规的篮球青训体系，他的父亲很早就将他送到了辽宁的体校进行系统的训练和参加正规的比赛。由于周琦是在辽宁青训体系中成长的，按照全运会体系，他属于辽宁体育局的，所以在全运会上他代表辽宁队出战。
尽管周琦在CBA联赛中曾为新疆队效力，但他在全运会上的代表队伍是辽宁队，这一点在多个来源中得到了确认。