2012年拜仁慕尼黑在欧冠决赛中输给切尔西的原因主要有以下几点：

教练海因克斯的自负

海因克斯在比赛第86分钟换上了范比滕，这一举动被认为是出于自负，因为他在常规时间结束前的3分钟换上了范比滕，以此向范比滕表示敬意，这是一时冲动的做法。

战术失误

拜仁在比赛中错失了太多机会，尤其是在点球大战中，拜仁第四个出场的奥利奇和第五个出场的施魏因施泰格先后罚失点球，失去了在家门口夺冠的机会。

防守问题

拜仁在防守上出现了短暂的混乱，尤其是在角球防守时，德罗巴能够头球破门，而范比滕只能眼睁睁地看着他的背影。

心态问题

拜仁球员在比赛中显得过于紧张，尤其是在关键时刻，如罗本罚失点球后，球队的心态彻底崩溃，最终导致失利。

运气不佳

拜仁在比赛中虽然占据优势，但最终因为一些偶然因素（如德罗巴的进球和罗本罚失点球）而输掉了比赛。

综上所述，2012年拜仁慕尼黑在欧冠决赛中的失利可以归因于教练的战术决策失误、球员的心态和防守问题，以及一定的运气成分。