2003年湖人输给马刺的原因主要有以下几点：
球队内部矛盾
奥尼尔和科比的关系恶化：奥尼尔在完成三连冠后开始懈怠，对总冠军的热情减退，而科比则不断追求进步，两人之间的竞争心态导致关系紧张，场下和场上的默契消失。
角色球员状态下滑：夺冠后，湖人队的角色球员变得松懈，缺乏斗志，导致整个球队的状态不佳，常规赛只取得了50胜32负的战绩，排名西部第五。
战术体系瓦解
缺乏团队化学反应：由于奥尼尔和科比之间的矛盾，两人在比赛中各自为战，没有形成有效的团队配合，导致球队整体表现不佳。
外线火力不足：湖人队在季后赛中的外线表现糟糕，霍里和布莱恩-肖等球员的三分球命中率极低，无法为球队提供稳定的外线支持。
对手实力强大
马刺队的团队篮球：马刺队以团队篮球著称，球员之间配合默契，教练波波维奇教导有方，整个团队的凝聚力和执行力都非常强。
邓肯的出色表现：邓肯在那个系列赛中场均砍下28分11.8篮板4.8助攻，是马刺战胜湖人的关键因素之一。他在第六场比赛中独得37分16篮板，彻底摧毁了湖人的主场优势。
伤病和状态问题
奥尼尔受伤：奥尼尔因脚趾伤势缺席了部分比赛，状态下滑，无法发挥出最佳水平。
科比独揽球权：在奥尼尔缺席的情况下，科比承担了更多的进攻责任，但过于独揽球权也影响了球队的平衡和战术体系。
综上所述，2003年湖人输给马刺的原因主要是内部矛盾激化、战术体系瓦解、对手实力强大以及伤病和状态问题。这些因素共同作用，导致湖人队在季后赛中被马刺队淘汰。