周琦在全运会代表辽宁队出战的原因主要 与他的培养背景和注册单位有关。周琦虽然曾在CBA联赛为新疆队效力，但在全运会篮球比赛中，他的参赛资格并不直接与CBA球队相关联，而是由球员的全运会注册单位决定。周琦是由辽宁体育局下属的阜新篮球学校培养成才的，因此他最终在辽宁体育局注册参赛资格，将代表辽宁队出战全运会。
此外，周琦的篮球成长史也显示他与辽宁有着深厚的渊源。他在很小的时候就被送到辽宁阜新篮球学校进行系统的训练和参加正规的比赛。尽管后来加盟了新疆队，但篮协也默认他是辽宁青训球员。周琦本人也多次表态，如果国家体育总局判定他仍属于辽宁体育局，他将毫无怨言，会全力以赴为辽宁男篮争冠。
因此，从全运会篮球比赛的竞赛规则和周琦的成长背景来看，他代表辽宁队出战全运会是符合相关规定和逻辑的。