王晓龙离开国安的原因是多方面的，主要包括以下几点：

薪资问题：

国安无法突破原有的薪资结构，开出的续约合同并不足以打动王晓龙。

个人发展：

王晓龙个性十足，北京的新老交替阶段更愿意培养新人，这对他的发展构成了阻碍。同时，他正值当打之年，能够获得巨额转会费，如果再过一两年估计就不值什么钱了，因此俱乐部同意放行。

球队战术调整：

国安在战术体系上进行了调整，过分强调中路渗透，过分依赖超级外援的配合能力，导致王晓龙在球队中的角色发生了变化，最终选择离队。

管理层变动：

斯塔诺被国安扫地出门，新帅的到来可能使王晓龙感到自己在球队中的地位不保，因此选择离队。

个人性格问题：

王晓龙自称性格有些问题，不太会交流，这可能也影响了他在球队中的表现和人际关系。

伤病问题：

王晓龙在2008年和2009年伤病不断，图拔教练都不敢让他过多训练，这也可能影响了他的职业生涯发展。

综合以上几点，可以看出王晓龙离开国安是一个复杂的决定，涉及薪资、个人发展、球队战术、管理层变动、个人性格和伤病等多方面因素。