范巴斯滕的退役主要是因为 严重的脚踝伤势。他在28岁时就不得不告别绿茵场，并在31岁正式退役。这一决定震惊了整个足球界。范巴斯滕的脚踝伤势是在1992年12月的一场意甲比赛中被安科纳后卫铲伤后引发的，这次伤病导致他休息了四个多月，复出后只打了三场意甲联赛，以及在1992-1993赛季欧洲冠军杯决赛中的再次受伤，最终导致他久治不愈而不得不退役。
范巴斯滕的伤病不仅让他无法继续以最佳状态征战赛场，也促使国际足联开始重新审视其工作，并修改规则以保护进攻球员，例如背后铲球被明令禁止，恶意犯规将面临红牌和追加停赛。这些措施显著改善了球员的安全性，也促进了进球数的增加。
尽管范巴斯滕的职业生涯被伤病过早地摧残，但他在足球界的影响力是巨大的，他三次荣膺金球奖，两次夺得世界足球先生，是那个时代最耀眼的球星之一。退役后，范巴斯滕转型成为一名领队，先后担任阿贾克斯青年队和阿贾克斯预备队的助理教练，并于2004年执掌荷兰国家队，带领荷兰队跻身2006年世界杯决赛圈。