江苏苏宁和上海申花之间的恩怨主要源于以下几个方面：
球迷间的对立
最早的恩怨可以追溯到2009年，江苏舜天（现江苏苏宁）冲超成功第一年，在客场对阵上海申花时，申花球迷拼命喊江苏降级，这让江苏球迷情感上难以接受。
申花球迷经常以蜜汁优越感称呼江苏队为苏北DOG（地域歧视），再加上某些没有底线的球迷经常以三十万这等国耻来挑衅江苏挑衅南京，导致两方球迷水火不相容。
解说员的言论
上海解说员周亮在解说中发表侮辱性的言论，将江苏队球员称为“苏北狗”，这种公开辱骂直接加深了两支球队之间的恩怨。
媒体人的挑事
有挑事球迷将苏宁广告牌被撤销的黑锅甩给了上港球迷，这也加剧了双方的矛盾。
比赛中的冲突
在2016年，江苏苏宁和申花在足协杯中双杀对方，场面火爆，球迷疯狂，巨大横幅震慑奥体，比赛内容显示出两队之间的激烈对抗。
官微运营失误
2018赛季，江苏苏宁官微转发战平权健的总结时，配文“干死骚花，必须双杀!”引发争议，被认为是苏宁输给了球迷们恩怨已经的死敌申花。
其他事件
2019年，江苏苏宁俱乐部副总经理尹成龙和顾超被相关部门请去配合调查，可能涉及到2019年中超第14轮比赛，江苏苏宁0-1不敌上海申花，这场比赛很可能是一场默契球比赛。
综上所述，江苏苏宁和上海申花之间的恩怨主要源于球迷间的对立、解说员的侮辱性言论、媒体人的挑事、比赛中的冲突以及官微运营失误等多方面的原因。这些恩怨情仇使得两队在每次比赛时都会引起双方球迷之间的激烈对抗和不满。