2012年拜仁慕尼黑在欧冠决赛中输给了切尔西，主要原因可以归纳为以下几点：

战术失误

拜仁主教练海因克斯在比赛中做出了一个颇具争议的换人决定，他在第86分钟换上了范比滕，这一换人导致防守球员增多一人，不久之后切尔西通过角球机会扳平了比分。

海因克斯在常规时间结束前的3分钟换上范比滕，被认为是一时冲动的做法，直接影响了比赛的走势。

心态问题

拜仁在比赛中虽然占据优势，但在加时赛和点球大战中出现了心态波动。罗本在加时赛中罚丢了点球，而进入点球大战之后，拜仁的两位关键球员奥利奇和施魏因施泰格也先后罚失了点球。

拜仁球员在点球大战中的表现受到了巨大压力，最终导致了比赛的失败。

运气因素

切尔西在比赛中展现了顽强的防守和反击能力，尤其是在角球防守上表现出色，德罗巴在角球机会中头球破门，帮助球队扳平比分。

切尔西在联赛中度过了一个糟糕的赛季，但在欧冠决赛中却表现出色，这也可以看作是一种运气的体现。

球队内部问题

拜仁在2012年赛季中面临了一些内部问题，如更衣室矛盾、球员伤病等，这些问题影响了球队的战斗力和稳定性。

综上所述，2012年拜仁慕尼黑在欧冠决赛中的失利是多种因素共同作用的结果，包括战术失误、心态问题、运气因素以及球队内部问题。尽管如此，拜仁仍然展现出了强大的实力和斗志，这场失利也成为他们历史上的一段重要记忆。