日本在世界杯等比赛中输给巴拉圭的原因可能包括以下几点：
防守实力：
巴拉圭以其防守实力著称，曾在2010年世界杯上以1:0小胜西班牙，显示出其防守的稳固性。在点球大战中，巴拉圭的防守也表现得非常出色，最终5:3淘汰日本。
经验差距：
日本队在世界杯上的经验相对较少，而巴拉圭球员大多经历过2018年世界杯，并在那次大赛中表现出色，尤其是在点球大战中。这种经验的差距可能在关键时刻影响了日本队的表现。
心态问题：
在2010年世界杯的点球大战中，日本球员驹野友一在关键时刻因为紧张而射失了点球。心理压力和心态波动在点球大战中往往起到决定性作用。
运气因素：
足球比赛中运气也是一个不可忽视的因素。在2018年世界杯1/8决赛中，日本队与巴拉圭队120分钟内战成0-0，最终通过点球大战决定胜负，这种比赛结果受到运气的影响较大。
整体实力：
虽然日本队在某些比赛中表现出色，但从整体实力上看，巴拉圭确实高出一筹。在2010年世界杯上，冈田武史也承认，日本队输球并不窝囊，因为整体实力上巴拉圭确实强于日本。
综合以上几点，日本在世界杯等比赛中输给巴拉圭的原因可能包括防守实力、经验差距、心态问题、运气因素以及整体实力上的差距。