博斯克离开皇马的主要原因是不满俱乐部高层的操作和理念分歧。具体原因如下：
高层操作：
2003年夏天，皇马俱乐部进行了一系列操作，包括更换球员和教练，这与博斯克的理念截然不同。尤其是俱乐部主席弗洛伦蒂诺的决策，被认为是导致博斯克离开的直接原因。
理念分歧：
博斯克认为俱乐部在竞技层面的操作与他的理念不符，导致两人之间存在严重分歧。这种分歧在2003年球队表现不佳时达到顶峰，最终导致博斯克的下课。
更衣室问题：
虽然博斯克没有明确指出具体原因，但有消息称俱乐部认为他对球队的更衣室失去了控制。这可能是俱乐部对他不满的另一个原因。
商业利益：
弗洛伦蒂诺作为俱乐部主席，一味寻求商业包装，忽视了竞技层面的需求，这与博斯克注重球队整体表现的理念相悖。
综上所述，博斯克离开皇马的主要原因是不满俱乐部高层的操作和理念分歧，这些分歧最终导致他在2003年被解职。