周琦代表辽宁队参加全运会的主要原因如下：
体育局归属：
周琦虽然出生于河南，但他从小在辽宁阜新篮球学校接受训练，因此他是辽宁体育局培养的球员。根据全运会的规则，运动员需要为自己所在体育局的省份打比赛，所以周琦代表辽宁队参赛是规则所限，也是他应尽的义务。
个人发展考量：
周琦在NBA回归中国时，原本决定为辽宁队打球，但在签订合同时被新疆队发现并带回。尽管如此，他选择代表辽宁参加全运会也有为自己退役后生活做打算的考虑。目前，周琦的个人荣誉和团队荣誉并不突出，收入也受到CBA降薪令的影响，他需要通过在篮坛的地位或体育局的重要性来保障自己的退役生活。
情感纽带：
周琦在夺冠赛后表示，他从小在辽宁体育局体系下训练，辽宁体育局培养了他，因此只要全运会需要他，他义不容辞回来打比赛。
经济利益：
有报道称，周琦代表四川队打全运会是因为四川队提供了高额薪酬。据称，四川队以600万元的薪酬邀请周琦参加全运会，这个价格非常高，可能也是周琦做出这一决定的一个重要因素。
综上所述，周琦代表辽宁队参加全运会主要是出于体育局归属、个人发展考量、情感纽带以及经济利益等多方面的原因。