瓜迪奥拉在2018年和2020年两次带领曼城输给里昂的主要原因如下：

轻敌和战术失误

2018年：瓜迪奥拉可能过于轻敌，认为曼城在实力上占据绝对优势，导致在比赛中出现掉以轻心的情况。上半场里昂连入两球，锁定了赛果。下半场瓜迪奥拉尽管进行了三个换人，但未能改变比赛结果，最终以1比2不敌里昂。

2020年：瓜迪奥拉在欧冠1/4决赛中采用三中卫战术，但这种变阵导致球员对战术和位置的不熟悉，影响了球队的整体表现。此外，瓜迪奥拉坚持使用京多安等球员，而这些球员在关键时刻表现不佳，直接影响了比赛的进球数和最终结果。

保守的战术选择

2020年：瓜迪奥拉在比赛中选择了较为保守的战术，使用了三中卫和三中场阵容，导致球队在进攻端缺乏威胁，防守端也出现了漏洞。这种战术选择使得曼城在面对里昂的快攻时显得力不从心，最终导致失利。

关键球员的失误

2020年：比赛中出现了多次关键失误，如拉波尔特传球失误、埃德森黄油手和斯特林超级空门不进，这些失误直接打掉了曼城的士气，并导致失球。

综上所述，瓜迪奥拉在这两次输给里昂的比赛中，主要问题在于战术选择和人员安排上的失误，以及轻敌的心态。这些因素共同导致了曼城的失利。