穆勒一直打替补的原因主要有以下几点：
体能和节奏问题：
随着年龄的增长，穆勒在场上的节奏感有些跟不上整体节奏，且受到体能等方面的制约，导致他在防守端有些力不从心，容易成为球队的突破口。
战术调整：
拜仁慕尼黑在不同时间段进行了战术调整，例如无锋阵容的尝试，这使得穆勒的位置变得不再那么重要，因此他逐渐失去了主力位置。
球队管理：
新任主教练图赫尔通过让穆勒成为替补，实际上是在投石问路和杀鸡儆猴，他希望通过这种方式摆脱一些老将对球队的影响，让自己成为真正执掌球队的人。
球员更新：
拜仁慕尼黑有年轻球员在等待出场机会，例如穆夏拉等，这些年轻球员的崛起使得穆勒的位置更加边缘化。
个人意愿：
穆勒本人对于长期担任替补也表达了不满，他觉得自己完全可以帮助球队，并不想长期接受这样的安排。
伤病和状态：
穆勒虽然身体状态良好，但长时间没有首发也影响了他的状态，导致他在比赛中的表现不如预期。
综上所述，穆勒一直打替补的原因是多方面的，包括体能下降、战术调整、球队管理、年轻球员的崛起以及个人意愿等因素。尽管如此，穆勒在拜仁慕尼黑仍然是一个重要的球员，尤其在关键比赛中，他的经验和能力仍然对球队有着巨大的帮助。