天皇杯冠军的奖励包括：
奖金
冠军将获得1.5亿日元（税前）。
亚军获得5000万日元（税前）。
两个第三名分别获得2000万日元（税前）。
比赛资格
冠军球队将获得来年日本超级杯的参赛资格。
冠军球队还将获得亚冠参赛资格。
若同时获得J1联赛冠军，则超级杯资格顺延至J1联赛第二。
若同时取得J1联赛前三位，则亚冠资格顺延至J1联赛第四。
若天皇杯冠军未获得次年J1联赛执照，可以向日本足协申请特别执照许可，否则亚冠名额顺延给J1联赛高顺位球队。
其他奖励
冠军球队有权在下一届天皇杯比赛中身着印有特别标记的球衣出战（2009年起取消此强制规定）。
冠军球队还将获得各种奖杯和表彰状，如天皇杯、日本足协杯、英足总银杯（91届之后）、NHK杯（48届后）、共同通信社杯、JOC杯、德国杯（85届后）等。
这些奖励不仅包括金钱和实物，还包括荣誉和参赛资格，对于球队和球员来说都是非常重要的激励。