李根与北京队的关系因转会事件而变得紧张。李根在2015年选择离开北京队加盟新疆队，这一决定引起了北京球迷的强烈不满和批评。尽管李根在北京队效力了三个赛季，并且曾经表示对这座城市和球队的感情，但他在离开时并没有得到球迷的谅解，反而遭遇了球迷的嘘声和骂声。此外，有知情人透露，新疆队给李根开出了高达1200万元的高薪，而北京队则坚决拒绝了他的回归，这也使得李根处于两难的境地。最终，李根选择与新疆队签约，这一行为进一步加剧了他与北京队之间的恩怨。尽管李根在新疆队取得了成功，但他在北京队的生涯并不完美，尤其是在合同期满之际选择离开，使得他的职业生涯充满了争议。