陈昌源没有加入国足的主要原因是他拥有双重国籍。陈昌源出生在比利时，并持有比利时国籍。尽管他的祖父和祖母分别来自中国安徽和浙江，但根据中国《国籍法》，中国不承认双重国籍。因此，他无法以双重国籍身份加入中国队。

此外，尽管中国足协在2012年曾邀请陈昌源加入国足，但由于上述的国籍问题，他最终选择了加入中华台北队，并在首场世预赛比赛中进球。

这些因素共同导致了他未能加入中国队。