广州恒大更换主教练的原因主要有以下几点：

教练组内部不和谐：

在里皮离开后，恒大发现教练组之间存在不和谐因素。里皮带来的世界杯冠军教练组成员并没有完全心悦诚服卡纳瓦罗，导致卡纳瓦罗与教练组之间出现矛盾。此外，卡纳瓦罗对体能教练高迪诺不满意，并曾提交申请补充新的助手，这些都可以视为团队不和谐的证据。

伤病危机和人员调配问题：

卡纳瓦罗在担任执行教练期间，球队遭遇了严重的伤病危机，人员调配变得非常困难。在这种情况下，恒大集团不得不选择与卡纳瓦罗解聘。

球队成绩和目标：

恒大在里皮离开后，设定了实现中超五连冠和再次冲击亚冠冠军的目标。为了实现这些目标，球队需要一位能够迅速稳定军心、提升士气的教练。斯科拉里在接任后，不仅提振了士气，还引进了保利尼奥，使球队在精神和战术层面都焕然一新，最终帮助球队取得了中超五连冠和亚冠冠军的辉煌成绩。

里皮的挖角：

里皮在两周前回到广州，透露自己将到新岗位就任，并希望带走自己之前的教练团队。这一举动直接促使卡纳瓦罗开始组建新的教练团队，最终恒大选择与斯科拉里牵手。

综上所述，广州恒大更换主教练的原因是多方面的，包括教练组内部的不和谐、伤病危机、球队成绩和目标的需求，以及里皮的挖角等因素。