王冠散打被禁赛的原因是在2009年十一运会现代五项决赛中，广东队选手王冠在比赛时被上海交流到重庆的队员阻挡，导致成绩受到影响。具体来说，重庆队的第二棒选手李乾赟在跑步行进到890米处时，以“之”字形跑阻挡了当时排名第二的广东队第三棒选手王冠，李乾赟的违规路线大约有5米左右，严重违反了比赛规则和体育道德，被驻点裁判制止并清理出赛道。

这起申诉被提交到国家体育总局以作决定，最终根据现代五项竞赛委员会和仲裁委员会的调查，确认了李乾赟的违规行为，并认为这一行为对王冠的成绩产生了影响。因此，王冠被禁赛。