皇家社会在本赛季未能晋级欧冠的原因主要有以下几点：

关键球员状态下滑：

球队核心球员奥亚萨瓦尔因膝盖大修后能力有所下滑，而久保健英在亚洲杯中表现平平，无法为球队带来显著优势。这两名球员的高身价也影响了皇家社会的整体实力。

阵容不整：

尽管主力阵容基本齐整，但右后卫特劳雷和中场扎卡里安长期缺阵，这对球队的整体战斗力造成了影响。

联赛表现不佳：

截至2025年1月，皇家社会在联赛中仅取得6胜8平11负的战绩，积26分，排名积分榜第13位。进攻端表现乏力，防守端漏洞百出，特别是在客场作战时表现更为糟糕。

多线作战压力：

皇家社会不仅要应对西甲联赛，还要在欧联杯和国王杯中争取好成绩。这种多线作战的压力可能导致球队在欧冠资格赛阶段未能发挥出最佳水平。

关键比赛失利：

在国王杯半决赛中，皇家社会在点球大战中失利，遗憾止步半决赛，这也影响了球队在欧冠中的表现和士气。

综上所述，皇家社会未能晋级欧冠主要是由于关键球员状态下滑、阵容不整、联赛表现不佳以及多线作战的压力等多方面的原因。