刘国梁被处罚的原因主要有以下几点：

梁靖崑的不当行为：

梁靖崑在比赛中将球拍插在裤裆里的行为被认为是不恰当的，并且态度嚣张，这一行为引起了广泛的争议和愤怒。刘国梁对此事的严厉处罚，部分原因是为了维护队内的道德和纪律。

队内表现不佳：

梁靖崑在比赛中表现不佳，首轮内战胜利后在后续轮次中表现软弱，未能展现出应有的竞争力。刘国梁不喜欢这种态度的运动员，因此对他的处罚也可以看作是对其表现的一种回应。

管理责任：

作为乒协主席，刘国梁在管理和指导球队方面可能出现了失误，例如未能及时向国际乒联提交必要的证明材料，导致马龙被处罚。这种管理上的疏忽也是他被处罚的原因之一。

改革压力：

总局发布的文件中提及的干部应该遵守的“四风”问题，以及针对国乒教练实行的责任制，可能也给刘国梁带来了一定的压力。尽管文件没有直接指出刘国梁，但其中的内容似乎与他有关，这可能也是他被下课的间接原因之一。

以上各点综合起来，刘国梁被处罚的原因是多方面的，既有个人的行为问题，也有管理和指导上的失误，同时可能还受到了来自更高层的管理压力和改革要求的影响。