三叔去十一仓的原因是为了寻找失踪的三叔。在《盗墓笔记》的故事中，吴邪的三叔吴三省在塔木陀事件后失踪，吴邪一直在寻找他。三叔在失踪期间，实际上一直在暗中关注吴邪，并且曾在雨村附近的山上拍摄照片。此外，三叔的一条短信还引发了后续的事件。

十一仓在书中是一个存放许多稀奇古怪物品的地方，其中包括一个魂瓶。魂瓶在剧情中有着重要的作用，与十一仓和听雷事件有着密切的联系。因此，三叔去十一仓可能与魂瓶有关，他可能在寻找魂瓶或者与十一仓中存放的其他物品有关联。