中国足协内设部门经过多次调整，根据最近的信息，截至2024年4月8日的调整方案中，内设部门由19个压缩为14个，具体如下：
1. 党群工作部
2. 综合部
3. 国家队管理部
4. 女子足球部
5. 青少年足球部（全国足球发展重点城市办公室）
6. 竞赛部
7. 技术部
8. 裁判部
9. 社会足球部
10. 对外交流部
11. 人力资源部
12. 媒体文化部
13. 数字信息部
14. 纪检监督部
中国足协虽然不设行政级别，但其实际运作中，其领导班子由国家体育总局任命，足协的党委受国家体育总局党组的领导