王健林退出足球的原因主要有以下几点：

足球管理制度的问题：

王健林认为，管理足球的机构是官办的，而管理方式却是市场化的，这种体制和市场化的矛盾使得足球发展面临很大困难。管理部门是任命的，而非选出来的，这种制度上的问题很难调和。

赌博集团的渗透：

王健林在退出足坛的前两年已经感觉到赌博行业渗透到了足球领域，影响了赛场的一些比赛。他曾向体育总局的主管领导反映过此问题，并坚决要求与公安联手打击，但没有被采纳。因此，他判断继续投资足球是白费精力。

不满裁判判决：

在1998年足协杯半决赛中，大连万达对阵辽宁天润，裁判对万达球员的恶意冲撞视而不见，并且错误地吹罚越位，导致万达输掉了比赛。王健林因此非常生气，并在赛后的发布会上宣布永远退出中国足坛。

对投资中国足球失去信心：

王健林表示，足坛黑哨太猖狂，他对投资中国足球已经失去了信心。他希望通过退出足坛，能给中国足球界的领导和全国球迷提个醒，引起上层的反思。

综上所述，王健林退出足球的原因是多方面的，包括足球管理制度的问题、赌博集团的渗透、不满裁判判决以及失去对投资中国足球的信心。