孔令辉被停职的原因主要涉及其 涉及赌博等不当行为。具体事件如下：

新加坡赌场欠款事件：

2017年5月，孔令辉在新加坡赌场欠款被告上香港高等法院。中国乒乓球协会认为其行为严重违反了国家公职人员管理相关规定和纪律要求，因此决定暂停其中国女乒主教练工作，并要求其立即回国接受进一步调查和处理。

酒驾事件：

孔令辉曾因酒后驾车被北京警方查获，这一行为严重违反了交通法规，也损害了他的公众形象。

私人会所事件：

2011年，孔令辉的私人会所事件再次引起社会广泛关注，尽管他并未因此改正错误，但最终被国家队“赶”出了国家队。

比赛中的违规行为：

孔令辉在比赛中的不当行为，包括对裁判的不尊重和挑衅，以及违反比赛规则的行为，也导致他被停职。

综上所述，孔令辉因涉及赌博、酒驾、不当行为等一系列问题，被国家体育总局和中国乒乓球协会严厉处罚，最终被停职。