申花被剥夺冠军的原因主要是在2003年甲A联赛中，上海申花联盛足球俱乐部及其原官员楼世芳、眭建华为谋取不正当比赛成绩，通过郭峰给予他人不正当利益，进行不正当交易，操纵比赛，严重违背体育道德，丧失体育精神，造成了恶劣的社会影响。具体事件涉及申花在2003年甲A联赛和上海中远比赛中贿赂前中国足协裁判负责人张建强，希望他能够安排裁判关照申花，裁判陆俊得到了张建强的指令在比赛中多次对申花做出有利判决，这场比赛被司法机关认定假球。因此，中国足协最终决定扣除申花6个积分，罚款100万人民币，并剥夺其2003年甲A冠军头衔。