在《刺客信条》系列游戏中，罗德里戈并没有被主角艾吉奥杀死，这主要有以下几个原因：
剧情需要
艾吉奥的复仇已达成：艾吉奥在剧情中已经打败了罗德里戈，并揭露了罗德里戈并非真正的先知，而是圣殿骑士组织的一部分。艾吉奥已经完成了他的复仇任务，因此没有必要再杀死罗德里戈。
罗德里戈的绝望：在梵蒂冈对决之后，罗德里戈意识到自己根本不是先知，对面的艾吉奥才是。他已经完全丧失斗志，处于绝望之中。在这种情况下，杀死他反而显得多余。
角色塑造
艾吉奥的成熟：艾吉奥已经从复仇的执念中解脱出来，成为了一个真正的刺客大师。他认为剥夺罗德里戈一生所坚信的目标，已经是对他最大的打击和最残忍的复仇。让他一死了之，反而会让他免受更多的煎熬。
罗德里戈的残余价值：罗德里戈的儿子切萨雷波吉亚随后带兵攻进了奥迪托雷家族的庄园，显示出罗德里戈在某种程度上仍然具有影响力。因此，杀死罗德里戈并不能彻底瓦解圣殿骑士组织。
组织信仰
圣殿骑士的信仰：圣殿骑士组织崇尚秩序和信仰，不会因为一个人的死亡而彻底解散。杀死罗德里戈并不能解决根本问题，反而可能引发更多的混乱和冲突。
综上所述，从剧情需要、角色塑造和组织信仰等方面考虑，艾吉奥并没有杀死罗德里戈。这种做法既符合剧情逻辑，又能体现艾吉奥作为刺客大师的成熟和睿智。