金志扬离开北京国安的原因是多方面的，主要包括以下几点：
俱乐部人事变动：
2003年，金志扬遇到了“人事变动”的麻烦，因为北京国安俱乐部与北京市体育局的协调出现问题，导致他的人事档案被挂到了人才交流中心。虽然后来他接受了北京理工大学足球队的邀请并执教，但这一事件对他的职业生涯产生了负面影响。
个性与管理层的不和：
有观点认为，金志扬的个性不易为人接受，这可能导致他与国安俱乐部管理层之间存在矛盾，从而影响他在球队的地位和执教环境。
追求新的挑战：
在离开国安后，金志扬在2003年接受了北京理工大学足球队的邀请，并带领这支学生军杀入中国足球职业联赛。这一转变可能也反映了他对新的挑战和机遇的追求。
综上所述，金志扬离开国安的原因是多方面的，包括俱乐部人事变动、个性与管理层的不和以及追求新的挑战等。这些因素共同作用，最终导致他离开了国安队。