佩佩选择代表葡萄牙而不是巴西的原因主要有以下几点：

职业生涯的发展：

佩佩在葡萄牙得到了更多的机会和认可，他的职业生涯在葡萄牙达到了巅峰。在巴西，尽管他是一名土生土长的巴西人，但由于竞争激烈，他并没有得到足够的上场机会。

双重国籍：

佩佩拥有巴西和葡萄牙的双重国籍。由于葡萄牙有大量的后裔生活在巴西，两国之间并没有太大的隔阂，这使得佩佩有可能更换国籍。

经济和社会因素：

葡萄牙相对于巴西来说是一个经济更发达、社会治安更好的国家。这些因素可能也促使佩佩选择葡萄牙作为他的代表国家。

个人感情：

佩佩对葡萄牙有着深厚的感情，这可能源于他在葡萄牙的早期生活经历或者个人喜好。他曾经在接受采访时提到，他对葡萄牙的感情非常深，甚至把葡萄牙当作自己的祖国。

与C罗的合作：

佩佩与C罗有着早期的交集，他们在波尔图和皇马一同征战多年，建立了深厚的友谊和默契。这种合作关系可能也是佩佩选择代表葡萄牙的一个重要原因。

综上所述，佩佩选择代表葡萄牙而不是巴西，是由于他在葡萄牙得到了更多的职业发展机会，拥有双重国籍的便利，以及个人感情和对与C罗合作的重视等多种因素的综合考量。