莫里斯被北京队替换的原因主要有以下几点：
伤病问题：
莫里斯因伤状态下滑，场均得分和篮板数下降，严重影响了球队的表现。在上赛季，他在出战19场比赛后因为伤势严重一度返美治疗，北京队也用备选外援杰瑞特暂时替代了他。
合同问题：
去年夏天，北京队与莫里斯商讨买断合同，但双方未能达成一致，因此北京队最终选择留下莫里斯作为备选外援，并用汉密尔顿征战CBA。
球队重建：
北京队在重建计划中并未将莫里斯纳入其中，这也导致了他最终被替换。
外援规则：
根据CBA外援规则，在整个赛季期间各参赛队可以更换外籍球员3人次，其中常规赛2人次，季后赛1人次。北京队在艾伦-杰克逊意外受伤后，选择暂时换回莫里斯。
综上所述，莫里斯被北京队替换的主要原因是伤病问题、合同问题以及球队重建的需要。尽管他一度被替换，但北京队有权在赛季中重新换回他。