周琦在2016年NBA选秀中未能进入首轮的原因主要有以下几点：

上赛季在新疆的季后赛表现不佳：

周琦在上赛季的季后赛中的表现远未达到预期，未能展现出像姚明、王治郅、巴特尔和易建联等前辈在进入NBA前的统治力。这导致多家美国媒体认为他的选秀顺位会受到影响。

体能问题：

周琦的体能问题也是影响他选秀顺位的重要因素。由于体重轻、脂肪含量低，他很难长时间进行大运动量训练和对抗。在国家队和联赛两线作战时，周琦在CBA赛季后半段就出现了体力不支的情况，甚至在季后赛中多次出现抽筋现象，只能依靠输液缓解疲劳和补充体能。

身体瘦弱：

周琦的身体瘦弱也是他的一大短板，这使他在对抗中处于劣势。尽管他有一定的硬件条件，如身高2米18、臂展2.29米，但他的身体过于单薄，缺乏对抗能力，甚至在一对一的对抗中都会被普通后卫打爆。

选秀前的协议：

根据周琦的经纪人团队和新疆俱乐部达成的协议，如果周琦在首轮没有被选中，他将会留在新疆队再打一年CBA。这一协议也影响了他在选秀中的表现和心态。

综上所述，周琦在2016年NBA选秀中未能进入首轮，主要是由于他在上赛季季后赛中的表现不佳、体能问题以及身体瘦弱等原因。尽管如此，他仍然在第二轮第13顺位被选中，并在NBA开始了他的职业生涯。