上海上港足球俱乐部因以下违规行为被处罚：

球员不当行为：

2017年6月22日，上海上港队因个别球员的不当行为，导致多名球员在场上与广州富力队球员之间发生大规模的聚拢和冲突，造成恶劣影响。中国足协对上海上港队进行了通报批评，并罚款人民币5万元。

未按规定安排主教练及首发运动员参加赛前新闻发布会：

同样是2017年6月22日，上海上港队因未按规定安排其主教练及首发运动员参加与广州富力队比赛的赛前新闻发布会，对中国足球协会联赛组织及媒体工作造成不良影响，被足协通报批评，并罚款人民币4万元。

主帅博阿斯侮辱裁判员：

2017年9月30日，上海上港主帅博阿斯因侮辱裁判员，并对裁判员做出侮辱性动作，造成恶劣影响，被禁止进入2017年中超联赛的替补席4场及之后中国足协举办的正式比赛的替补席4场。

这些处罚措施反映了中国足协对俱乐部及其官员行为的严格管理和处罚力度，旨在维护联赛的秩序和形象。