上海申花在2013年中超联赛中负分起步的原因是因为 涉及反赌扫黑案件。具体来说，上海申花和天津泰达因打假球被中国足协处罚，各被扣了6分。这一处罚决定使得两支球队在新赛季伊始就处于不利地位，早早被划入“降级区”，这也是中国顶级职业联赛历史上首次有球队以负分起步。

这一处罚不仅影响了球队在联赛中的排名，也对球队的整体士气和表现产生了负面影响。尽管申花在随后的赛季中努力保级，并且最终成功留在中超联赛，但负分起步的经历无疑是一个巨大的挑战和转折点。