上海申花被剥夺冠军的原因主要有以下几点：

不正当交易和操纵比赛：

2013年，上海申花俱乐部及其原官员楼世芳、眭建华为谋取不正当比赛成绩，通过郭峰给予他人不正当利益，进行不正当交易，操纵比赛，严重违背体育道德，丧失体育精神，造成了恶劣的社会影响。因此，中国足协对申花俱乐部进行了严厉的处罚，包括扣除6个积分，罚款100万人民币，并收回了2003年末代甲A冠军。

假球事件：

2003年甲A联赛中，上海申花贿赂前中国足协裁判负责人张建强，希望他能够安排裁判关照申花。裁判陆俊在比赛中多次对申花做出有利判决，这场比赛被司法机关认定为假球。中国足协最终决定对申花处以100万罚款、扣除6分以及剥夺2003年甲A冠军。

球队管理和心理问题：

虽然申花在赛季中表现稳定，但在最后一战中，球队的心理和状态出现了问题，导致关键球员错失机会，整体表现不佳。此外，球队在关键时刻的失误和战术调整不当也暴露出球队核心与整体战术体系之间的矛盾。

人事变动和球员离队：

申花在关键时刻面临队长吴曦退役、外援离队等人事变动，这对球队的整体实力和士气造成了严重影响。

综上所述，上海申花被剥夺冠军的原因是多方面的，包括不正当交易、假球事件、球队管理和心理问题以及人事变动等。这些因素共同作用，最终导致了申花的冠军头衔被剥夺。