里皮辞职的原因是多方面的，主要包括以下几点：

归化球员的使用问题：

里皮对于归化球员在国家队中得不到重用感到诧异和心寒。他认为恒大俱乐部花费巨资引进的归化球员在国家队中并未发挥应有的作用，这让他感到失望和不满。

用人权和决策权受限：

里皮在主教练的用人和选人方面没有自主权，感觉自己的意见不被尊重。他认为这种模式有违足球的发展规律，并且他觉得自己未受到应有的尊重。

球队表现不佳：

里皮对球队在世界杯预选赛中的表现感到绝望，尽管他投入了大量的时间和精力，但球队的成绩并未达到预期。这种失望最终促使他选择辞职。

内部权力斗争：

里皮在足协内部的话语权逐渐被削弱，他的战术安排和用人决策受到质疑和干预。这种权力斗争和利益博弈让他感到无奈和挫败。

与恒大俱乐部的关系：

里皮的辞职与中国足协和广州恒大之间的关系有关。恒大俱乐部在归化球员方面的巨大投入与里皮的战术理念存在分歧，加上陈戌源与恒大之间的矛盾，进一步加剧了里皮的辞职。

球员态度和舆论压力：

部分球员在比赛中的消极态度和舆论压力也让里皮感到失望和困惑。他认为这些因素影响了球队的战斗力，也影响了他的工作效果。

综上所述，里皮的辞职是由于多种因素共同作用的结果，包括归化球员的使用问题、用人权和决策权受限、球队表现不佳、内部权力斗争、与恒大俱乐部的关系以及球员态度和舆论压力等。